Bringing clarity to microscopic imaging
运动图覆盖的线粒体 3D 渲染。3D 体积由生物成像设施中的 3D SIM 显微镜捕获,并由 NSTM 使用高级生物成像中心的计算集群进行重建。图片来源:曹瑞明

对显微样品进行成像需要捕获多个连续测量结果,然后使用计算算法重建单个高分辨率图像。当样品静止时,这个过程可以很好地工作,但如果样品在移动(这对于活体生物标本来说很常见),最终图像可能会模糊或扭曲。

现在,伯克利研究人员开发了一种方法来提高这些动态样本的时间分辨率。在一项研究中发表于自然方法,他们展示了一种新的计算成像工具,称为神经时空模型(NSTM),它使用小型、轻量级的减少运动伪影并求解运动轨迹。

“对动态样本进行成像的挑战在于重建算法假设静态场景,”该研究的主要作者、博士瑞明曹说。生物工程专业的学生。

“NSTM 通过对每个时间点的运动进行建模和重建,将这些计算方法扩展到动态场景。这减少了运动动力学造成的伪影,使我们能够看到样本中那些超快节奏的变化。”

研究人员表示,NSTM 可以与现有系统集成,无需额外的昂贵硬件。而且它非常有效。“NSTM 已被证明可以在”曹说。

该开源工具还使重建过程能够以更精细的方式运行。例如,计算成像重建过程可以涉及捕获大约10或20个图像以重建单个超分辨率图像。

但使用神经网络,NSTM 可以模拟物体在这 10 或 20 张图像中如何变化,使科学家能够在一张图像的时间尺度上重建超分辨率图像,而不是每 10 或 20 张图像。

图片来源:加州大学伯克利分校

该研究的首席研究员、电气工程和计算机科学教授劳拉·沃勒 (Laura Waller) 表示:“基本上,我们使用神经网络对样本的动态进行及时建模,以便我们能够在更快的时间尺度上进行重建。”“这非常强大,因为您可以将时间尺度提高 10 倍或更多,具体取决于您最初使用的图像数量。”

NSTM 用途但不需要预训练或数据先验。这简化了设置并防止通过训练数据引入潜在的偏差。该模型使用的唯一数据是它捕获的实际测量值。

在这项研究中,NSTM 在三种不同的显微镜和摄影应用中显示出了有希望的结果:微分相差显微镜、3D 结构照明显微镜和滚动快门漫射相机。

但是,根据沃勒的说法,“这些实际上只是冰山一角。”NSTM 可用于增强任何多镜头计算成像方法,扩大其科学应用范围,特别是在生物科学领域。

“这只是一个模型,所以你可以将它应用于任何动态场景的计算逆问题。它可以用于断层扫描,如 CT 扫描、MRI 或其他超分辨率方法,”她说。“扫描显微镜方法也可能受益于 NSTM。”

研究人员预计 NSTM 有朝一日会集成到商用成像系统中,就像软件升级一样。与此同时,曹和其他人将致力于进一步完善该工具。

“我们只是试图突破看到这些非常快的动态的极限,”他说。

更多信息:Ruiming Cao 等人,动态多镜头成像的神经空间-时间模型,自然方法(2024)。DOI:10.1038/s41592-024-02417-0

引文:提高显微成像的清晰度:新工具可消除运动伪影(2024 年,10 月 1 日)检索日期:2024 年 10 月 1 日来自 https://techxplore.com/news/2024-10-clarity-microscope-imaging-tool-motion.html

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